En hovedbygning er den største og fineste bygning i et bygningskompleks, især på et gods eller en gård.
Hovedbygningen har i perioder været hjem for Frederik og Lea og deres to børn. Det er et smukt hus, men også et afslappet hus, hvor man sænker skuldrene og nyder roen. Det er hensigten, at brudepar og gæster skal føle sig hjemme.
Der er 23 sengepladser i hovedbygningen, og de er med i lejen. Læs mere om bryllup på Agerup.
Den nuværende hovedbygning blev opført i 1858-60 i én fløj og udvidet med et fag til hver side omkring år 1900. Den er hvidpudset i senempire, i ét stokværk over en høj kælder, og taget, der oprindeligt var blåglaseret tegl, fik skifer i 1878.
På havesiden har huset et fremspringende midterparti på tre fag og en veranda.
